新冠疫情初期，复星医药向BioNTech投入共计1.35美元，用于疫苗的研发和商业化，其中包括8500万现金和5000万美元的股权投资。2020年3月，BioNTech和复星医药宣布达成战略合作协议，双方将基于BioNTech专有的mRNA技术平台，在大中华地区共同开发、商业化针对新冠病毒的疫苗产品。此后，双方还宣布分别认缴50%资本在中国设立合资公司，以实现 mRNA新冠疫苗产品的本地化生产及商业化。

2021年1月，基于BioNTech的mRNA技术的新冠疫苗COMIRNATY(即BNT162b2，中文商品名：復必泰)获香港特别行政区食物及卫生局认可在香港作紧急使用。供应香港的疫苗将直接由BioNTech在德国的工厂进行生产，用于香港特区政府新冠疫苗接种计划下的供应、分发和施用等。

2021年7月，复星医药控股子公司复星实业(香港)有限公司与包括台积电、鸿海、永龄基金会、慈济基金会以及裕利医药签订共计1500万剂mRNA新冠疫苗的销售协议。9月，复星医药供应台湾地区的第一批由BioNTech生产的mRNA新冠疫苗复必泰从欧洲运抵台湾，首批到货93.2万剂。

2022年8月29日，复星医药发布2022年上半年业绩，上半年营收213.4亿元，同比增长25.88%。归母净利润15.47亿元。其中，新冠疫苗复必泰持续向港澳台地区供货，报告期内在上述地区实现销售800余万剂，自上市以来累计实现销售超过3000万剂，儿童剂型于2022年4月、5月先后获批于中国澳门和中国台湾地区开展5至11岁儿童接种。